부차케리니-시스몬디 가문에 의해 설립되었으며, 원래 성 마르티노에게 헌정된 교회의 존재가 처음으로 문서에 기록되었다. 당시 교회에는 병원이 부속되어 있었다.

현재 교회의 특징적인 로마네스크 양식 파사드가 건축되었다. 피사 로마네스크 양식의 전형적인 특징인 블라인드 아케이드, 마름모꼴 장식, 이색 석재 사용 등이 나타난다.

카말돌리회 수도사들이 교회를 관리하며 인접한 곳에 수도원을 건립했다. 이 시기에 교회가 로마네스크-피사 양식으로 재건축된 것으로 보인다.

카말돌리회 이후 성 스테파노 기사단이 교회를 관리했다. 이 시기 파사드에 기사단의 문장이 부착되기도 했다.

성 바오로회 수사(바르나비티 수도회)가 교회를 이어받아 관리했다.

화재로 인해 교회가 손상되었고, 이후 복구 과정에서 중앙 본당의 천장과 후진(앱스) 등이 바로크 양식으로 개조되었다.

교회가 교구의 중심 성당으로 지정되어 일반 신자들을 위한 사목 활동을 시작했다.

대대적인 복원 작업을 통해 화재와 바로크 양식 개조로 변형되었던 부분을 상당 부분 제거하고, 교회의 원래 로마네스크 양식을 복원하여 재축성했다.

피사 대학교의 공식 교회로 지정되어 현재까지 학생들과 지역 사회를 위한 종교 및 문화 중심지 역할을 하고 있다. 현재 예수회에서 관리하고 있다.

2001년부터 2003년까지 내외부 보존 복원 작업이 이루어졌으며, 2006년부터 2008년까지 현재의 제단 구역이 조성되었다.