1103년 기록에 이미 생 필리베르에게 봉헌된 교회가 언급되며, 현재의 로마네스크 양식 교회는 1137년 디종 대화재 이후 건설된 것으로 추정된다.

포도 재배자들의 교구 교회였으며, 시장과 시의원들의 취임식이 생 베니뉴 묘지, 생 필리베르 현관 앞에서 거행되었다. 1187년에는 이곳에서 디종 시가 위그 3세 공작으로부터 코뮌 헌장을 받았다.

8각형의 고딕 양식 돌 종탑이 건설되었다.

서쪽 파사드의 현관 중앙 통로가 1508년에서 1511년 사이에, 양쪽 측면 통로는 18세기에 건설되었다. 북쪽 예배당들도 18세기에 추가되었다.

교회가 폐쇄되고 수비대 말들의 마구간 및 군수품 창고로 사용되었다. 한때 철거도 고려되었다.

현재의 '옛 목욕탕 길(rue des Vieilles-Étuves)'을 확장하기 위해 교회의 후진(앱스)과 양쪽 익랑의 작은 예배실(앱시디올)이 철거되었다. 철거된 부분의 위치는 현재 도로에 포석으로 표시되어 있다.

마구간으로 사용된 후, 군용 식량 창고로 이용되었다.

1862년 역사 기념물 목록에 등재되었고, 1913년 8월 20일 공식적으로 역사 기념물로 분류되었다.

군으로부터 시에 반환된 후 고고학 박물관으로 용도가 결정되고 복원이 시작되었다.

복원 계획과 달리 화물 운송 센터가 들어섰다. (일부 자료에는 소금 창고로 사용되어 건물이 손상되었다는 언급도 있음)

정기적으로 전시회와 콘서트가 열렸다.

전시 공간으로 만들기 위한 대대적인 공사가 진행되었으나, 바닥 난방 설치로 인해 염분이 기둥으로 올라와 석재가 손상되는 문제가 발생했다.

건물 손상 악화로 인해 폐쇄되고 장기간 보수 작업에 들어갔다.

2002년 문화유산의 날에 재개방되었고, 2011년부터 간헐적으로 대중에게 전시 공간으로 개방되었으나 이후 다시 폐쇄되기도 했다. 현재는 예술 및 축제 공간으로 가끔 활용된다.