이베리아 반도의 선사시대부터 근현대까지 이어지는 방대한 유물을 통해 스페인의 역사와 문화를 깊이 있게 탐구하고자 하는 역사 애호가 및 고고학에 관심 있는 학습 목적의 탐방객들이 주로 찾는다. 일부 여성 및 1인 여행객들도 비교적 안전하고 쾌적한 환경에서 관람을 즐길 수 있다.

잘 구성된 전시실에서 시대별 유물을 체계적으로 관람할 수 있으며, 상세한 설명과 멀티미디어 자료를 통해 각 유물의 역사적 맥락을 이해할 수 있다. 특히 고대 이집트와 그리스 컬렉션, 알타미라 동굴 복제품 등은 특별한 볼거리를 제공한다.

일부 방문객은 특정 전시관의 조명이 다소 어둡다고 느끼거나, 어린이를 위한 상호작용적 요소가 부족하다는 의견을 제시하기도 한다. 또한, 스페인 제국 시절의 중남미 유물은 소장하고 있지 않아 관련 유물을 기대하는 이들에게는 아쉬울 수 있다.

국립 고고학 박물관은 스페인 국립 도서관과 같은 건물을 공유하고 있다는 얘기가 있다.

박물관 입구 앞마당에는 1960년대에 제작된 알타미라 동굴 벽화의 실물 크기 복제품이 전시되어 있는데, 이는 독일 뮌헨의 독일 박물관 전시와도 연관이 있다고 알려져 있다.

과거에는 아메리카 대륙의 민족지학 관련 유물도 소장하고 있었으나, 1940년대 소장품 재편 과정에서 아메리카 박물관으로 이관되었다는 언급이 있다.

일부 방문객들 사이에서는 특정 전시실의 조명이 다소 어둡다는 의견이 있다.

스페인 제국 시절 중남미 지역에서 가져온 유물은 소장하고 있지 않아, 이를 기대하는 방문객에게는 아쉬움을 줄 수 있다는 평가가 있다.

최근 스페인 정부의 '탈식민지화' 정책의 일환으로, 과거 카나리아 제도에서 온 관체 미라가 전시에서 제외되었다는 소식이 전해진다.

서고트 왕국의 레체스윈스 왕이 봉헌한 것으로 알려진 정교한 황금 왕관이 이 박물관의 중요 소장품 중 하나로 꼽힌다.