아메리카 대륙의 선사 시대부터 식민지 시대, 현대에 이르는 방대한 유물과 예술품을 통해 아메리카 문화와 역사를 심도 있게 탐구하고자 하는 역사 애호가나 학술적 관심이 있는 방문객들이 주로 찾는다.

콜럼버스 이전 시대의 토기, 금속 공예품, 마야 고문서 사본과 같은 희귀 유물을 직접 관람할 수 있으며, 식민지 시대의 카스타 회화, 민족지학적 자료들을 통해 다양한 아메리카 문화의 단면과 역사적 변화 과정을 학습할 수 있다.

많은 전시 설명이 스페인어로만 제공되어 외국인 방문객의 이해를 돕는 데 한계가 있다는 지적이 있으며, 일부 방문객은 직원들이 폐관 시간보다 일찍 퇴장을 유도하는 경우가 있다고 언급한다.

박물관의 초기 소장품 중 일부는 스페인 정복자들이 왕실에 바쳤던 것이나, 1734년 알카사르 대화재로 대부분 소실되어 현재 남은 것은 극히 일부라고 전해진다.

왕립 자연사 박물관 시절, 소장품 확대를 위해 스페인령 아메리카 식민지에 대표 유물 수집 및 제출 지침을 내리기도 했다는 기록이 있다.

박물관 설립 초기에는 아메리카 유물 외에도 필리핀, 오세아니아, 심지어 소량의 아프리카 및 사미족 관련 유물도 함께 소장했었다고 한다.

일부 방문객은 전시품에서 강한 에너지를 느낀다고 언급하며, 이 때문에 박물관 내에 종교화나 성물을 배치하여 균형을 맞추려 한다는 흥미로운 해석을 내놓기도 한다.

과거에는 박물관의 전신인 왕립 자연사 박물관 시절의 전시 방식을 재현한 공간도 있었으나, 현재는 유명한 과달루페 성모와 카스타 그림은 전시되어 있지 않다고 알려져 있다.