산타 미세리코르디아 병원(Hospital de la Santa Misericordia, 16세기)과 산 라사로 병원(Hospital de San Lázaro)이 건립되어 운영되기 시작했다. 이 두 병원이 현재 산 후안 데 디오스 병원의 전신이다.

하엔 시 의회는 산타 미세리코르디아 병원과 산 라사로 병원을 통합하여 산 후안 데 디오스 기사단(Orden de San Juan de Dios)에 운영을 맡겼다. 이때부터 '산 후안 데 디오스 병원'으로 불리게 되었다.

개인 기부와 시 의회의 후원으로 병원은 스페인에서 가장 오래 지속된 병원 중 하나이자 하엔에서 가장 유서 깊은 의료기관으로 발전했다. 수 세기 동안 스페인 왕국 전역에 영향을 미친 모범적인 의료 지원 모델로 명성을 얻었다.

모든 의료 시설이 새롭고 현대적인 프린세사 소피아 데 에스파냐 병원(Centro Hospitalario Princesa Sofía de España)으로 이전되면서, 유서 깊은 산 후안 데 디오스 병원은 문을 닫고 버려지게 되었다. 이후 도난과 약탈에 노출되어 거의 폐허 상태에 이르렀다.

병원은 하엔 지방 의회(Diputación Provincial de Jaén)의 자선 단체 소속이었으나, 이 해에 분리되었다.

당시 하엔 지방 의회 의장이었던 크리스토발 로페스 카르바할(Cristóbal López Carvajal)의 주도로, 하엔학 연구소(Instituto de Estudios Giennenses)의 적절하고 영구적인 본부 마련을 위해 옛 병원의 대대적인 복원 작업이 시작되었다. 복원 설계는 저명한 건축가 루이스 베르헤스 롤단(Luis Berges Roldán)이 맡았다.

복원된 병원 건물은 하엔 지방 의회 산하 여러 기관의 본부로 사용되고 있다. 대표적으로 하엔학 연구소(Instituto de Estudios Giennenses), 지방 경제사회위원회(Consejo Económico y Social de la Provincia), 하엔 주제 및 작가 기록센터(Centro Documental de Temas y Autores Jiennenses), 하엔 지방 경제사회 발전 전략 재단(Fundación "Estrategias para el desarrollo económico y social de la provincia de Jaén") 등이 입주해 있다. 또한 회의 및 전시장으로도 활용되어 다양한 문화 행사가 열린다.