13세기 연대기 작가 매튜 패리스에 따르면, 세인트 올번스 수도원의 울신(Wulsin) 대수도원장이 세인트 알반 순례자를 위해 세인트 알반스로 들어오는 세 주요 도로에 성 미카엘 교회, 성 베드로 교회, 성 스테판 교회를 설립했다.

현재 건물의 가장 오래된 부분인 성단소와 본당으로 구성된 석조 교회가 건축되었다. 이 시기 건축에는 로마 유적지 베룰라미움에서 가져온 로마 벽돌 등 많은 자재가 재활용되었다.

북쪽 통로와 그 이후 남쪽 통로가 추가되어 본당과 아케이드로 연결되었다.

본당에 자연 채광을 늘리기 위해 클리어스토리(고창층)가 추가되었고, 남쪽 예배당도 이 시기에 건설되었다.

성단소와 북쪽 통로가 재건되었고, 성단소 아치가 확장되었다. 장식적인 동쪽 창문 등이 이 시기에 만들어졌다.

클리어스토리 창문 교체, 남쪽 예배당 및 성단소에 큰 창문 삽입, 팔각형 세례대 설치, 성단소 아치에 목조 팀파눔과 '최후의 심판(Doom painting)' 그림 추가 등이 이루어졌다. 탑도 이 시기에 개조된 것으로 추정된다.

철학자 프랜시스 베이컨 경이 사망한 후, 그의 기념비가 성단소 북쪽 벽에 설치되었다.

조지 길버트 스콧 경의 지휘 하에 교회가 복원되었다. 이 과정에서 박스형 좌석과 서쪽 갤러리가 제거되고, 고딕 부흥 양식의 남쪽 현관이 추가되었다.

제1대 그림소프 남작 에드먼드 베켓이 자신의 설계와 비용으로 교회 서쪽 끝 부분을 대대적으로 개조했다. 기존 서쪽 탑을 철거하고 북서쪽에 새로운 탑을 건설했으며, 본당을 서쪽으로 약간 확장했다.

성 미카엘 교회는 그 역사적, 건축적 가치를 인정받아 영국 문화유산(Historic England) 1등급(Grade I listed building)으로 지정되었다.