카푸친 수도회의 아구스틴 데 그라나다 수사가 세비야 대주교에게 수도원 설립을 요청하여 허가를 받았다. 기존의 산타 후스타와 루피나 예배당 부지를 확보했다.

이네스 데 킨타니야의 유언에 따른 기부금으로 본격적인 수도원 건축이 시작되었다.

수도원 건물이 완공되어 카푸친 수사들이 정주하기 시작했다.

세비야의 대표 화가 바르톨로메 에스테반 무리요가 수도원 교회를 위해 '수호천사', '성모 영보' 등 다수의 걸작을 제작했다.

이시도로 데 세비야 수사가 이 수도원에서 '영혼의 목자이신 성모(디비나 파스토라)'에 대한 새로운 신심을 창안하고 전파하기 시작했다.

인근 타가레테 하천의 범람으로 수도원이 침수 피해를 입었다.

프랑스군의 세비야 침공으로 수사들은 피신했고, 수도원은 병원으로 전용되었다. 무리요의 그림 다수가 약탈당했으며, 수도원의 귀중한 기록물들이 소실되었다.

프랑스군 철수 후 카푸친 수사들이 돌아와 수도원을 복원했다. 약탈되었던 그림 일부가 반환되었다.

스페인 정부의 교회 재산 몰수 정책(데사모르티사시온)으로 인해 수도원이 폐쇄되었다.

수도원은 산 후안 데 디오스 수도회, 국가, 개인 등 여러 차례 소유권이 변경되었다.

세비야 시청이 수도원을 인수하여 콜레라 환자 등을 수용하는 이사벨 2세 주립 병원으로 사용했다.

세비야에 카푸친 수도 공동체가 다시 설립되었다.

세비야 시청이 카푸친 수도회에 옛 수도원 건물의 사용권을 부여했다.

카푸친 수도회가 수도원 건물의 완전한 소유권을 되찾았다.

수도원 교회의 디비나 파스토라 성모상이 대관식을 통해 공식적으로 영예를 받았다.

카푸친 수도원은 그 역사적, 예술적 가치를 인정받아 스페인의 중요 문화재(Bien de Interés Cultural)로 지정되었다.

디비나 파스토라 성모상의 대관식이 교회법적 대관으로 격상되어 그 의미를 더했다.