현재 주교궁이 위치한 부지에는 원래 도시의 병원 중 하나인 '엘 오스피탈 델 코르푸스(el Hospital del Corpus)'가 고딕 양식으로 지어져 있었다. 이 병원은 대성당 소유로 가난한 이들을 돌보았다.

병원이 다른 지역으로 이전하자, 오리우엘라 주교가 이 건물을 자신의 거주지로 삼으려 했으나, 대성당 참사회가 반대하며 참사회 의원들의 거주지로 사용하고자 했다. 이 시기에 르네상스 양식으로 건물이 개조되었으며, 현재 궁에도 일부 르네상스 양식의 공간이 남아있다.

많은 참사회 의원들이 자신들의 저택을 짓게 되면서 이전 거주지가 비게 되자, 당시 주교였던 후안 엘리아스 고메스 데 테란(Juan Elías Gómez de Terán) 또는 그의 후임자인 페드로 비야누에바(Pedro de Villanueva) 주교 시기를 거쳐, 특히 주교 호세 플로레스 오소리오(José Flores Osorio)의 주도로 현재의 바로크 양식 주교궁이 대성당 옆 부지에 새롭게 건립되었다. 이전 건물의 일부 요소(르네상스 양식 계단 등)가 활용되었다.

주교궁은 1975년 10월 31일 Decreto에 의해 국립 기념물(Monumento Nacional)로 지정되었다.

현재 주교궁은 교구 성미술관(Museo Diocesano de Arte Sacro)으로 사용되며, 벨라스케스를 비롯한 중요한 종교 예술 작품들을 소장 및 전시하고 있다. 문화재(Bien de Interés Cultural)로도 보호받고 있다.