에스테포나 지역의 선사 시대부터 이슬람 시대에 이르는 고고학적 유물을 통해 깊이 있는 역사 탐구를 원하는 역사 애호가 및 문화 탐방객들이 주로 찾는다. 작은 규모임에도 불구하고 페니키아, 로마 시대의 희귀한 유물을 직접 관람할 수 있다는 점이 특징이다.

방문객들은 석기 시대 도구, 고대 도자기, 동전, 장신구 등 다양한 전시품을 통해 과거 이 지역 주민들의 생활상을 엿볼 수 있다. 특히 페니키아 유적지 '엘 토레온'에서 발굴된 유물들과 로마 시대 모자이크, 이슬람 시대 도자기 등을 시대별로 관람하며 에스테포나의 풍부한 역사적 층위를 경험할 수 있다.

모든 안내문이 스페인어로만 되어 있어 외국인 방문객에게는 다소 불편할 수 있다는 점이 아쉬움으로 언급된다.

박물관이 위치한 건물은 '카사 델 알히베(Casa del Aljibe)'로 불리며, 과거 시청으로 사용되었고 그 이전에는 18세기 귀족의 저택이었다고 한다. 건물 지하에는 무어인 시대까지 거슬러 올라가는 오래된 물 저장고(알히베)가 있는 것으로 알려져 있다.

에스테포나 고고학 박물관은 고생물학, 민족지학, 투우, 시청각 자료를 다루는 다른 4개의 박물관과 함께 에스테포나 시립 박물관 단지를 구성하는 일부이다.

일부 방문객의 이야기에 따르면, 박물관 건물(때때로 '라 베네피센시아'로도 불림)에는 민족지학 박물관도 함께 자리하고 있다고 한다.

1502년의 오래된 문서에는 그라나다 함락 직후 스페인 국왕 부부가 에스테포나의 무어인 요새 자리에 성을 짓고 주변에 20채의 가옥을 건설하도록 명령한 내용이 기록되어 있는데, 이는 기독교 도시 건설의 시작을 알리는 것이었다고 한다.

1618년에는 에스테포나와 마르베야 사이에 방목권, 특히 돼지와 도토리에 관한 법적 분쟁이 있었다는 기록도 남아있어, 예로부터 이 지역에서 도토리를 먹인 돼지로 만든 하몬(jamón de bellota)이 중요했음을 짐작하게 한다.

1617년 에스테포나의 한 부유한 신사가 결혼하며 아내에게 개인 소유물로 준 물품 목록을 법적 문서로 남겼는데, 그중에는 상자, 매트리스, 침대 시트 4장, 침대 커튼 세트, 베개 2개, 그리고 수건 1장이 포함되어 있었다는 흥미로운 이야기가 전해진다.