시토회 수도사들이 이전에 로마 시대 보나 데아 여신을 모시던 신전 유적의 일부 재료를 재활용하여 수도원 건축을 시작했다.

건축 중이던 수도원 교회가 성모 마리아에게 봉헌되었다.

수도원은 아테르노-페스카라 계곡에서 중심적인 역할을 수행했으며, 특히 안지오 가문의 후원으로 세력을 확장하여 인근의 산 클레멘테 아 카사우리아 수도원까지 관리하게 되었다.

대지진으로 인해 기존의 건축 계획이 변경되었으며, 이후 작업은 완전히 마무리되지 못했다.

수도사들이 수도원을 떠났고, 이후 페라라 백작이 점령했다.

교황 식스토 5세가 쇠퇴한 수도원을 로마 산티 12사도 대성당의 수도회에 양도했으나, 건축은 끝내 미완성 상태로 남았다.

나폴레옹 정권과 이후 피에몬테 정권의 종교기관 억압 정책으로 인해 수도원은 더욱 쇠퇴했다.

산타 마리아 아라보나 수도원은 이탈리아 국립 기념물로 지정되었다.

본격적인 복원 작업이 시작되었다.

복원을 마치고 당시 이탈리아 대통령 루이지 에이나우디가 참석한 가운데 다시 문을 열었다.

1799년부터 수도원을 소유했던 잠브라 가문이 살레시오회에 수도원을 기증했다.

키에티-바스토 대교구의 직접적인 관리하에 놓이게 되었다.