네이코(Neikó)라는 이름의 여성을 위해 대리석으로 지어진 장례 기념물, 즉 영묘로 처음 세워졌다.

수세기에 걸쳐 여러 차례 개조되었으며, 특히 17세기에는 돔이 추가되고 동쪽 벽에 반원형 앱스가 만들어지는 등 기독교 교회로 본격적으로 전환되었다. 이 시기에 수도원으로도 사용되었다.

파스 판 크리넨(Pasch van Krienen), 루트비히 로스(Ludwig Ross) 등 유럽의 학자들이 방문하여 건물을 조사하고 기록을 남겼다. 로스는 이곳을 아폴론 신전으로 추정하기도 했다.

건물의 손상과 구조적 문제를 해결하기 위한 대대적인 복원 및 보존 작업이 '남에게해 2014-2020' 운영 프로그램의 일환으로 시작되었다.

복원 작업 중 교회 지하 크립트에서 2~3세기경의 것으로 추정되는 훼손되지 않은 여성 '네이코'의 무덤이 발견되었다. 무덤에서는 금 장신구 등 다양한 유물이 함께 출토되었다.

에피스코피 교회의 성공적인 복원 프로젝트는 유럽 문화유산 보존 분야에서 권위 있는 상인 유로파 노스트라 상(Europa Nostra Award)을 수상했다.

복원 작업을 마치고 일반 대중에게 다시 공개되었다.